Le Dr. Doyen est professeur au Département des sciences des aliments de la Faculté des Sciences de l’agriculture et de l’alimentation de l’Université Laval depuis 2014. Sa programmation de recherche vise à déterminer l’impact des procédés de transformation conventionnels et émergents sur les caractéristiques physico-chimiques des matrices alimentaires. Le Dr. Doyen et son équipe œuvrent également à développer des stratégies novatrices pour favoriser l’extraction, la concentration et la purification de biomolécules d’intérêt pour le secteur bioalimentaire. Plus récent, le Dr. Doyen développe plusieurs initiatives de recherche visant à comprendre les mécanismes d’interactions protéiques de divers matrices alimentaires conventionnelles (lait, œufs) et alternatives (insectes comestibles, lait humain et légumineuses) via l’application de divers traitements thermiques et non-thermiques.

Le Dr. Doyen agit également à titre de directeur scientifique de l'Institut sur la nutrition et les aliments fonctionnels et du Service de Soutien à l’Innovation de l’INAF qui vise à répondre aux besoins d’innovation du secteur industriel bioalimentaire.